Development of MultiTAAG: an Automated Genotyping System for Eucalyptus Species Using Multiplex Amplification of Microsatellite Markers

Abstract

Se describe el desarrollo de un sistema de tipificación de alto rendimiento para Eucalyptus globulus, E. nitens e híbridos basado en la amplificación simultánea de nueve marcadores microsatélites altamente polimórficos. La tipificación se lleva a cabo en una reacción en cadena de la polimerasa usando partidores fluorescentes, seguida por la detección automática de los fragmentos en un equipo de electroforesis capilar. Además, se desarrolló un programa computacional capaz de reconocer los alelos directamente a partir de los electroferogramas de salida, permitiendo así un análisis automático de los datos generados. Este sistema de análisis, llamado MultiTAAG, permite realizar una tipificación confiable con las ventajas de ensayar múltiples marcadores en paralelo, haciéndolo rápido y costoefectivo. Combinado con el poder del programa computacional para la asignación automática de alelos, MultiTAAG presenta menos errores y es fácilmente aplicable en gran escala.___________________________________We developed a high-throughput genotyping system for Eucalyptus globulus Labill., E. nitens and hybrids based on the simultaneous amplification of nine highly polymorphic microsatellite markers in a multiplex polymerase chain reaction (PCR) using fluorescently dyed primers, followed by the automated fragment detection on a capillary electrophoresis equipment. Additionally, we developed a computer software that performs the allele calling directly from the output electropherogram files, allowing the automated analysis of the collected data. This analysis system, named MultiTAAG, allows reliable genotyping with the advantages of assaying a large number of markers in parallel, making it fast and cost-effective. Combined with the power of the computer software for automated allele assignment, MultiTAAG is less prone to error and easily applicable at a large-scale.